UPT. PTIPD merupakan salah satu unit pelaksana teknis (UPT) yang ada di UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Di awal sejarah pendiriannya, PTIPD berupa unit yang bernama Pusat Komputer (Puskom) dengan tugas yang masih sangat sederhana, sesuai dengan kondisi kebutuhan institusi saat itu. Secara yuridis, Puskom sudah ada sejak diberlakukannya Keputusan Menteri Agama republik Indonesia (KMA RI) nomor 385 Tahun 1993 tanggal 29 Desember 1993, tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Dalam KMA RI tersebut terdapat pasal 60 yang memuat tentang Puskom dan menjelaskan bahwa Puskom adalah unsur penunjang IAIN Sunan Kalijaga di bidang komputer (pasal 60 ayat 1). Puskom dipimpin oleh seorang kepala, yang ditunjuk di antara pranata komputer senior di lingkungan Puskom yang bertanggungjawab kepada Rektor dan pembinaannya dilakukan oleh Pembantu Rektor Bidang Akademik (pasal 60 ayat 2).
Keberadaan Pusat Komputer sebagai unit pelasana teknis atau unsur penunjang di IAIN Sunan Kalijaga juga dimuat dalam Keputusan Menteri Agama RI Nomor 399 Tahun 1993 tentang statuta Institut Agama Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta.
Dalam upaya meningkatkan kualitas pelayanan administrasi di IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta diperlukan adanya sarana pendukung berupa Puskom yang berkemampuan tinggi, teruji tingkat validitasnya, efisien, efektif dan didukung oleh keakuratan data, kecepatan pengolahan serta keamanan yang terjamin, maka Rektor IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta saat itu, Prof. Dr. H.M. Atho Mudzhar, membentuk tim pelaksana penyiapan Program Pusat Komputer IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.