Sebagai bagian dari upaya untuk memperbaharui citra UIN Sunan Kalijaga, sejak tahun 2010 dilakukan perubahan lambang dan logo universitas. Lambang dan logo yang baru adalah sebagai berikut.
Bentuk dasar lambang dan logo adalah bunga matahari dengan satu tangkai dan dua lembar daun. Kelopak bunga diwujudkan dalam bentuk ornamen klasik bercorak Islam. Helai daun sebelah kiri visualisasi huruf ‘U’, tangkainya huruf ‘I’ dan daun sebelah kanan huruf ‘N’ sehingga dapat dibaca U-I-N.
Lambang bercorak bunga menyerupai simbol jaring laba-laba kesalingterkaitan dan keterhubungan antara sains dan agama yang terpatri dalam ikon mozaik pada dinding luar gedung bangunan UIN—diambil dari ornamen pada dinding Istana Alhambra masa Khalifah Bani Umayah di Granada, Spanyol yang mencakup wilayah perbukitan. Istana Alhambra selesai dibangun pada abad ke-14, periode Muhammad Yusuf, 1333-1353 dan periode Muhammad V, Sultan Granada, 1353-1391 pada masa Dinasti Nasar/Daulah Ahmar (1232-1492). Seni ornamen tersebut memberi banyak pengaruh berbagai bangunan di Timur dan Barat. Perpaduan Timur dan Barat ini (La syarqiyyah wa la gharbiyyah) dapat dimaknai sebagai visi dan misi UIN yang ingin menepis dikotomi keilmuan menuju integrasi dan interkoneksi bidang keilmuan menuju keunggulan peradaban.